1957年，蘇聯特工伊琳娜·斯帕爾科上校博士率領隊伍綁架了美國考古學家印第安納·瓊斯和他的搭檔喬治·“麥克”·麥克海爾。他們潛入內華達州的51號機庫，利用瓊斯找到來自羅斯威爾事件的外星人木乃伊。瓊斯成功找到木乃伊，但被麥克背叛，隨後逃到附近的模擬城鎮，該地正準備進行核試驗。他躲進一間模擬房屋內的鉛製冰箱，成功躲過爆炸，並被FBI救出後接受審問。 返回馬歇爾學院後，瓊斯得知自己被無限期停職。年輕的叛逆青年馬特·威廉姆斯找到瓊斯，告訴他前同事哈羅德·“奧克斯”·奧克斯利在秘魯找到了一個水晶頭骨，並在尋找傳說中的阿卡托爾城。蘇聯特工試圖抓住他們，但兩人成功逃脫並前往秘魯。
